บทความภาษาไทย

BRENDA

BRENDA ( The Comprehensive Enzyme Information System ) เป็นระบบข้อมูลที่แสดงถึงแหล่งเก็บข้อมูลของเอนไซม์ที่ครอบคลุมมากที่สุด มันเป็นทรัพยากรอิเล็กทรอนิกส์ที่ประกอบด้วยโมเลกุลและชีวเคมีข้อมูลเกี่ยวกับเอนไซม์ที่ได้รับการจำแนกโดยIUBMB ทุกหมวด เอนไซม์เป็นลักษณะที่เกี่ยวกับของตัวเร่งปฏิกิริยา ทางชีวเคมี ปฏิกิริยา คุณสมบัติทางจลนศาสตร์ของสารตั้งต้นที่สอดคล้องกัน(นั่นคือซับสเตรตและผลิตภัณฑ์) ได้อธิบายไว้อย่างละเอียด BRENDA มีข้อมูลเอนไซม์เฉพาะที่สกัดด้วยตนเองจากวรรณกรรมทางวิทยาศาสตร์ระดับประถมศึกษาและข้อมูลเพิ่มเติมที่ได้มาจากอัตโนมัติดึงข้อมูลวิธีการเช่นการทำเหมืองข้อความ มีอินเทอร์เฟซผู้ใช้บนเว็บที่ช่วยให้เข้าถึงข้อมูลได้อย่างสะดวกและซับซ้อน

BRENDA (ระบบข้อมูลเอนไซม์ที่ครอบคลุม)
Database.png
เนื้อหา
คำอธิบาย ข้อมูลระดับโมเลกุลและชีวเคมีของเอนไซม์ที่จำแนกตามIUBMB
ติดต่อ
ศูนย์วิจัย Technische Universität Braunschweig ภาควิชาชีวเคมีและชีวสารสนเทศ
การอ้างอิงหลัก PMID  21062828
วันที่วางจำหน่าย 2530
เข้าไป
เว็บไซต์ http://www.brenda-enzymes.org
ดาวน์โหลด URL แบบฟอร์ม
URL บริการเว็บ สบู่

ประวัติศาสตร์

BRENDA ก่อตั้งขึ้นในปี 2530 ที่ศูนย์วิจัยเทคโนโลยีชีวภาพแห่งเยอรมนีเดิม(ปัจจุบันคือศูนย์วิจัยการติดเชื้อเฮล์มโฮลทซ์) ในเมืองบราวน์ชไวค์และเดิมได้รับการตีพิมพ์เป็นชุดหนังสือ ชื่อของมันคือเดิมเป็นตัวย่อสำหรับฐานข้อมูล Braunschweig เอนไซม์ จาก 1996 ถึง 2007 BRENDA ตั้งอยู่ที่มหาวิทยาลัยโคโลญ ที่นั่น BRENDA ได้พัฒนาเป็นระบบข้อมูลเอนไซม์ที่สาธารณชนเข้าถึงได้ [1]ในปี 2007 BRENDA กลับไปBraunschweig ปัจจุบัน BRENDA มีการเก็บรักษาและการพัฒนาที่ภาควิชาชีวสารสนเทศศาสตร์และชีวเคมีที่เพิ่มเติมTU Braunschweig

อัพเดท

การอัปเดตข้อมูลครั้งใหญ่ใน BRENDA จะดำเนินการปีละสองครั้ง นอกจากการอัปเกรดเนื้อหาแล้ว การปรับปรุงอินเทอร์เฟซผู้ใช้ยังรวมอยู่ในฐานข้อมูล BRENDA ด้วย

เนื้อหาและคุณสมบัติ

ฐานข้อมูล:

ฐานข้อมูลที่มีมากกว่า 40 เขตข้อมูลที่มีข้อมูลเอนไซม์ที่เฉพาะเจาะจงมากกว่า 7000 หมายเลข ECที่จัดตามIUBMB เขตข้อมูลต่างๆ ครอบคลุมข้อมูลเกี่ยวกับการตั้งชื่อของเอนไซม์ ปฏิกิริยาและความจำเพาะโครงสร้างเอนไซม์การแยกและการเตรียมการ ความคงตัวของเอนไซม์ พารามิเตอร์ทางจลนศาสตร์ เช่นค่า Kmและจำนวนการหมุนเวียน การเกิดและการแปลเป็นภาษาท้องถิ่น การกลายพันธุ์และเอ็นไซม์ที่ออกแบบทางวิศวกรรม การประยุกต์ใช้เอนไซม์และลิแกนด์- ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ข้อมูลปัจจุบัน BRENDA มีข้อเขียนด้วยตนเองจากที่แตกต่างกันกว่า 140,000 บทความทางวิทยาศาสตร์ รายการของเอนไซม์แต่ละรายการมีการเชื่อมโยงอย่างชัดเจนกับเอกสารอ้างอิงอย่างน้อยหนึ่งรายการ กับสิ่งมีชีวิตต้นทางและลำดับโปรตีนของเอนไซม์ (ถ้ามี) [1]ส่วนสำคัญของ BRENDA เป็นตัวแทนของเอนไซม์ลิแกนด์มากกว่า 110,000 ตัว ซึ่งมีอยู่ในชื่อ คำพ้องความหมาย หรือโครงสร้างทางเคมี คำว่า "ลิแกนด์" ใช้ในบริบทนี้กับสารประกอบที่มีน้ำหนักโมเลกุลต่ำทั้งหมดซึ่งมีปฏิกิริยากับเอนไซม์ ซึ่งรวมถึงเมแทบอไลต์ของเมแทบอลิซึมขั้นต้น สารตั้งต้นร่วมหรือปัจจัยร่วม แต่ยังรวมถึงสารยับยั้งเอนไซม์หรือไอออนของโลหะด้วย ต้นกำเนิดของโมเลกุลเหล่านี้มีตั้งแต่ยาปฏิชีวนะที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติไปจนถึงสารประกอบสังเคราะห์ที่สังเคราะห์ขึ้นเพื่อการพัฒนายาหรือยาฆ่าแมลง นอกจากนี้การอ้างอิงข้ามไปยังแหล่งข้อมูลภายนอกเช่นลำดับและ3D โครงสร้างฐานข้อมูลเช่นเดียวกับจีชีวการแพทย์มีให้

ส่วนขยาย:

ตั้งแต่ปีพ.ศ. 2549 ข้อมูลใน BRENDA ได้รับการเสริมด้วยข้อมูลที่ดึงมาจากวรรณกรรมทางวิทยาศาสตร์โดยใช้วิธีการทำเหมืองข้อความแบบเกิดขึ้นร่วม เพื่อจุดประสงค์นี้ จึงมีการแนะนำที่เก็บข้อความสำหรับการทำเหมืองข้อความสี่แห่ง FRENDA (ข้อมูลอ้างอิงของ ENzyme DAta ฉบับสมบูรณ์), AMENDA (การขุดอัตโนมัติของ ENzyme DAta), DRENDA (DAtabase ที่เกี่ยวข้องกับโรคเกี่ยวกับโรค) และ KENDA (Kinetic ENzyme DAta) ผลลัพธ์เหล่านี้ข้อความการทำเหมืองแร่ที่ได้มาจากชื่อและบทคัดย่อของบทความทั้งหมดในฐานข้อมูลวรรณคดีPubMed [1] [2] [3]

การเข้าถึงข้อมูล:

มีเครื่องมือหลายอย่างในการเข้าถึงข้อมูลใน BRENDA บางส่วนของพวกเขามีการระบุไว้ที่นี่

  • แบบฟอร์มข้อความค้นหาต่างๆ (เช่น การค้นหาที่รวดเร็วและขั้นสูง)
  • เบราว์เซอร์ต้นไม้EC
  • เบราว์เซอร์ต้นไม้อนุกรมวิธาน
  • จีส์สำหรับโดเมนทางชีวภาพที่แตกต่างกัน (เช่นBRENDA อภิปรัชญาเนื้อเยื่อ , ยีนอภิปรัชญา )
  • อรรถาสำหรับแกนด์ชื่อ
  • เครื่องมือค้นหาโครงสร้างย่อยทางเคมีสำหรับโครงสร้างลิแกนด์
  • อินเทอร์เฟซSOAP

ความพร้อมใช้งาน

การใช้ BRENDA นั้นฟรี นอกจากนี้ FRENDA และ AMENDA ยังให้บริการฟรีสำหรับผู้ใช้ที่ไม่แสวงหาผลกำไร ผู้ใช้เชิงพาณิชย์ต้องการใบอนุญาตสำหรับฐานข้อมูลเหล่านี้ผ่าน BIOBASE

ฐานข้อมูลอื่นๆ

BRENDA มีการเชื่อมโยงไปยังฐานข้อมูลอื่น ๆ อีกหลายที่มีความสำคัญแตกต่างกันในการทำงานของเอนไซม์เช่นการเผาผลาญอาหารฟังก์ชั่นหรือโครงสร้างของเอนไซม์ ลิงก์อื่นๆ นำไปสู่ข้อมูลออนโทโลยีเกี่ยวกับยีนที่สอดคล้องกันของเอนไซม์ที่เป็นปัญหา เชื่อมโยงไปยังวรรณกรรมที่มีการจัดตั้งขึ้นโดยมีPubMed BRENDA เชื่อมโยงไปยังฐานข้อมูลและที่เก็บเพิ่มเติม เช่น:

  • BRENDA ภววิทยาเนื้อเยื่อ
  • ExPASy
  • ฐานข้อมูลNCBI (โปรตีน นิวคลีโอไทด์ โครงสร้าง จีโนมOMIMโดเมน
  • การตั้งชื่อเอนไซม์IUBMB
  • KEGG
  • ฐานข้อมูลPDB (ข้อมูล 3D)
  • PROSITE
  • SCOP
  • CATH
  • อินเตอร์โปร
  • เชบี
  • Uniprot

อ้างอิง

  1. ^ a b c ช้าง เอ, เชียร์ เอ็ม, โกรท เอ, ชอมเบิร์ก 1, ชอมเบิร์ก ดี (2008) "BRENDA, AMENDA และ FRENDA ระบบข้อมูลเอนไซม์ เนื้อหาและเครื่องมือใหม่ ปี 2552" . กรดนิวคลีอิก ความละเอียด 37 (ปัญหาฐานข้อมูล): D588-92 ดอย : 10.1093/nar/gkn820 . พีเอ็ม ซี 2686525 . PMID  18984617 .
  2. ^ Schomburg I, Chang A, Placzek S, Söhngen C, Rother M, Lang M, Munaretto C, Ulas S, Stelzer M, Grote A, Scheer M, Schomburg D: " BRENDA ในปี 2013: ปฏิกิริยาแบบบูรณาการ ข้อมูลจลนศาสตร์ ฟังก์ชันของเอนไซม์ ข้อมูล การจำแนกโรคที่ดีขึ้น: ตัวเลือกและเนื้อหาใหม่ใน BRENDA ", Nucleic Acids Res. , 41 (ปัญหาฐานข้อมูล): D764-D772
  3. ^ บาร์เธลเมส เจ, เอเบลิง ซี, ช้าง เอ, ชอมเบิร์ก 1, ชอมเบิร์ก ดี (2006). "BRENDA, AMENDA และ FRENDA: ระบบข้อมูลเอนไซม์ในปี 2550" . กรดนิวคลีอิก ความละเอียด 35 (ปัญหาฐานข้อมูล): D511-4 ดอย : 10.1093/nar/gkl972 . พีเอ็ม ซี 1899097 . PMID  17202167 .

อ่านเพิ่มเติม

  • Scheer M, Grote A, Chang A, Schomburg I, Munaretto C, Rother M, Söhngen C, Stelzer M, Thiele J, Schomburg D (2011) "BRENDA ระบบข้อมูลเอนไซม์ ปี 2554" . กรดนิวคลีอิก ความละเอียด 39 (ปัญหาฐานข้อมูล): D670–76 ดอย : 10.1093/nar/gkq1089 . พีเอ็ม ซี 3013686 . PMID  21062828 .
  • ช้าง เอ, เชียร์ เอ็ม, โกรท เอ, ชอมเบิร์ก 1, ชอมเบิร์ก ดี (2009) "BRENDA, AMENDA และ FRENDA ระบบข้อมูลเอนไซม์ เนื้อหาและเครื่องมือใหม่ ปี 2552" . กรดนิวคลีอิก ความละเอียด 37 (ปัญหาฐานข้อมูล): D588–92 ดอย : 10.1093/nar/gkn820 . พีเอ็ม ซี 2686525 . PMID  18984617 .
  • ชอมเบิร์ก ดี, ชอมเบิร์ก 1, ช้าง เอ (2006). คู่มือสปริงเกอร์ของเอนไซม์ (ฉบับที่ 2) ไฮเดลเบิร์ก: สปริงเกอร์.
  • ชอมเบิร์ก 1, ช้าง เอ, เอเบลิง ซี, เกรมเซ่ เอ็ม, เฮลด์ท ซี, ฮัน จี, ชอมเบิร์ก ดี (2004) "BRENDA ฐานข้อมูลเอนไซม์: อัปเดตและการพัฒนาใหม่ที่สำคัญ" . กรดนิวคลีอิก ความละเอียด 32 (ปัญหาฐานข้อมูล): D431–433 ดอย : 10.1093/nar/gkh081 . พีเอ็ม ซี 308815 . PMID  14681450 .
  • Parkya P, Nikolaev EV, ซีดี Maranas (2003) "การตรวจสอบฐานข้อมูล BRENDA" เมตาบ Eng . 5 (2): 71–73. ดอย : 10.1016/S1096-7176(03)00008-9 . PMID  12850129 .
  • ชอมเบิร์ก 1, ช้าง เอ, ฮอฟมันน์ โอ, เอเบลิง ซี, เออร์เรนไทร์ช เอฟ, ชอมเบิร์ก ดี (2002) "BRENDA: แหล่งข้อมูลสำหรับข้อมูลเอนไซม์และข้อมูลเมตาบอลิซึม]" แนวโน้ม Biochem วิทย์ 27 (1): 54–56. ดอย : 10.1016/S0968-0004(01)022027-8 . PMID  11796225 .
  • ชอมเบิร์ก 1, ช้าง เอ, ชอมเบิร์ก ดี (2002). "BRENDA ข้อมูลเอนไซม์ และข้อมูลเมตาบอลิซึม" . กรดนิวคลีอิก ความละเอียด 30 (1): 47–49. ดอย : 10.1093/nar/30.1.47 . พีเอ็ม ซี 99121 . PMID  11752250 .
  • Schomburg I, Hofmann O, Bänsch C, Chang A, Schomburg D (2000) "ข้อมูลเอนไซม์และข้อมูลเมแทบอลิซึม: BRENDA แหล่งข้อมูลสำหรับการวิจัยทางชีววิทยา ชีวเคมี และการแพทย์" ฟังก์ชันยีน Dis . 3 (4): 109–118. ดอย : 10.1002 / 1438-826X (200,010) 1: 3/4 <109 :: AID-GNFD109> 3.0.CO 2-O

ลิงค์ภายนอก

  • เว็บไซต์อย่างเป็นทางการของ BRENDA
  • ระบบการเรียกชื่อเอนไซม์nzyme
  • Biobase BRENDA - ฐานข้อมูลเอนไซม์